Sekundäre Pflanzenstoffe werden von Pflanzen zusätzlich zu den Grundstoffen des Stoffwechsels, den sogenannten Primärmetaboliten, gebildet. Sekundärstoffe erfüllen im pflanzlichen Organismus oft spezifische Aufgaben, z. B. als Blüten- oder Fruchtfarbstoffe oder bei der Abwehr von Fraßfeinden oder schädlichen Mikroorganismen. Im Gegensatz zu den Primärmetaboliten handelt es sich bei den sekundären Pflanzenstoffe meist um Verbindungen mit einer komplexen chemischen Struktur.